„W budowaniu ducha wspólnoty i formowaniu pierwszych członkiń ważną rolę odegrał Założyciel. Tak często, jak pozwalały mu na to obowiązki życia zakonnego, odwiedzał poszczególne domy, prowadził rekolekcje, służył kierownictwem duchowym i umacniał w chwilach trudności”.
Ojciec Józef Kościsz był przekonany, że dzieło wynagradzania wypłynęło z ducha św. Ignacego. Wyznał m.in.: “Moim pragnieniem jest, by ducha tego podtrzymywali i rozpalali inni moi współbracia zakonni za mego życia czy później” (Dziennik duchowy, 24 V 1964.). I tak się też stało. 
Opiekę duchową nad Instytutem, po śmierci Założyciela (+1982 r.), podjął o. Wojciech Kubacki SJ, który w latach 1972-1995 sprawował też duchową opiekę nad siostrami w klasztorze w Krakowie-Łagiewnikach, a w latach 1988-1995 był ich spowiednikiem. Z Jego inicjatywy w 1987 roku zaczęło wychodzić pismo „Orędzie Miłosierdzia” oraz inne publikacje poświęcone tajemnicy miłosierdzia Bożego oraz życiu i misji Siostry Faustyny. Ojciec Kubacki zmarł nagle 26 czerwca 1995 roku.
Przez kilka miesięcy po śmierci o. W. Kubackiego odpowiedzialne Instytutu podjęły poszukiwania nowego opiekuna. W styczniu 1996 roku opiekę duchową nad Wspólnotą, trwającą jedenaście lat, objął o. Stanisław Łucarz SJ. W 2007 r. nastąpiła zmiana duchowego opiekuna Wspólnoty, bowiem o. Stanisław otrzymał nowe, ważne dla Towarzystwa Jezusowego zadania. Rada Instytutu podjęła decyzję, by pozostać pod duchową opieką księży jezuitów.
Dzięki przychylności przełożonych opiekę duchową nad członkiniami Instytutu w kolejnych latach podejmowali ojcowie: od listopada 2007 roku na okres jednego roku o. Tadeusz Kukułka SJ. Studia teologiczne odbywał w Neapolu, a święcenia kapłańskie przyjął w 1997 r. W kolejnych latach pełnił różne odpowiedzialne funkcje, aktualnie pracuje w Nowym Sączu.
Od października 2008 r. przez trzy lata służył Instytutowi posługą duchową, m. in. też przez udzielanie rekolekcji o. Tadeusz Rostworowski SJ. Jednak po trzech latach został skierowany przez przełożonych zakonu na misje w Australii, gdzie nadal pracuje. 
Przez kolejne trzy lata, od października 2011 r. do czerwca 2014 r. posługę pełnił o. Wojciech Łokieć. Przez wiele lat pracował przy kościele Matki Bożej Pocieszenia w Nowym Sączu, opiekując się Apostolstwem Modlitwy. 
Rok 2020 – posługę duchową od 2015 r. sprawuje o. Józef Krzemiński SJ, wieloletni misjonarz ludowy. Dzieli się z Nami swoim doświadczeniem głoszenia misji na terenie, głównie na obszarze Prowincji Polski Południowej Towarzystwa Jezusowego, rozciągającej się od Bogatyni na zachodzie po Przemyśl na wschodzie (dziś obejmuje też obszar Ukrainy).
Od 25 maja 2021 roku opiekę duchową nad naszą Wspólnotą – dzięki życzliwości o. prowincjała Jarosława Paszyńskiego SJ – ponownie objął o. Tadeusz Kukułka SJ. Ojciec Tadeusz rezyduje we wspólnocie w Nowym Sączu przy ul. Piotra Skargi. Spotkania odbywają się w krynickim domu od kwietnia do listopada. W roku 2020 . Tadeusz dawał NAM rekolekcje ignacjańskie z główną myślą „Ożywcze powroty” w domu rekolekcyjnym „Górka” w Zakopanem.
